配方与原料：

商用火锅底料通常由专业的食品加工厂生产，配方经过精心设计和优化，以满足广大消费者的口味需求。其原料选择相对严格，可能会采用高品质的食材和调味料。

农贸市场的火锅底料则可能由小作坊或个人制作，配方和原料选择可能相对灵活和多样。这些底料可能更多地依赖于当地的食材和传统的制作方法。

生产工艺：

商用火锅底料的生产工艺通常较为先进和标准化，包括原料处理、炒制、包装等多个环节，以确保产品的品质和口感稳定。

农贸市场的火锅底料则可能采用传统的制作工艺，以手工操作为主，生产规模相对较小。

品质与安全性：

商用火锅底料在品质和安全性方面通常受到更严格的监管和检测，以确保产品符合相关的食品安全标准。

农贸市场的火锅底料则可能缺乏统一的监管标准，品质和安全性可能存在一定的差异。

价格与定位：

商用火锅底料通常面向餐饮企业和大型超市销售，价格相对较高，但品质和口感稳定，适合大规模使用。

农贸市场的火锅底料则主要面向个人消费者和小型餐馆，价格相对较低，但品质和口感可能存在一定的不稳定性。

综上所述，商用火锅底料和农贸市场的火锅底料在配方与原料、生产工艺、品质与安全性以及价格与定位等方面存在明显的区别。消费者在购买时可以根据自己的需求和预算进行选择。